La baguette magique est quand même un outil assez sale. Tu proposes d'utiliser Photoshop pour retoucher de la vidéo, en utilisant une technique qui s'apparente à du keying. After Effects est optimisé pour de la vidéo et a des outils de sélection de couleur adaptés. Si on obtient rien avec ce logiciel, je doute fort que Photoshop résolve le problème. Du moins, ça pourra passer en image fixe mais je pense que ça va énormément vibrer ou que tu auras pas mal de saletés une fois en vidéo et que tu finiras par faire plein de petites rotos pour cleaner. Autant commencer directement en roto proprement, le résultat a le mérite d'etre nickel et assuré (puis il s'agit seulement de rotoscoper les reflets, parfois grossièrement, pas forcément tout l'instrument !).
Par contre, c'est vrai que la durée de travail dépend de la durée de ton plan... et de ton type d'instrument ! Entre une guitare éléctrique et un saxophone, c'est évident que ce n'est pas la même paire de manches. Après, tout dépend aussi de ton niveau d'exigence