"ton cerveau va peut-être repousser, mais ça m'étonnerais que ton pouvoir de régénération puisse reconstituer des souvenirs détruit" ...et il a effectivement raison. quand Logan se réveille, il a oublié jusqu'à son propre nom : s'il n'avait pas eu ses plaques militaires autour du cou à son réveil, il se serait probablement renommé Jones Doo
Ça, c'est la décision des scénaristes de ce film-là, qui sort largement des canons de la BD (c'est aussi pour cela qu'il a été aussi mal jugé par les fans) dans lesquels Wolverine garde une bonne partie de sa mémoire ancienne même après la phase opération adamantium. Quitte à contredire le vilain Stryker, j'ai lu des articles consacrés à des gens qui s'étaient retrouvés avec des trucs invraisemblables plantés dans la tête, et quelquefois traversant le cerveau de part en part (barre de fer, tige de métal, etc), et qui avaient non seulement survécu, mais perdu définitivement certains souvenirs, tandis que d'autres souvenirs leur sont revenus peu à peu, comme si des bribes "enregistrées ailleurs" que dans les zones détruites, par d'autres moyens (souvenirs complémentaires par le toucher, l'odorat, l'ouïe, etc) leur avaient permis de se reconstituer. Certains scientifiques comparent cela à un support d'hologramme brisé, dont un seul débris, même petit, contient quand même un angle de l'image complète de l'objet photographiée en relief

Donc le Professeur Xavier ne fait peut-être pas tout le travail tout seul pour que Logan retrouve des flashs de souvenirs.
Donc même si la logique de la chronologie de la vie de Wolverine au cinéma laisse à désirer parce que personne n'y a veillé scrupuleusemet au fil des scripts validés par la Fox, on peut imaginer que seuls ses souvenirs récents aient été détruits pendant un moment, mais avec la possibilité qu'ils se reconstituent très lentement dans le futur.
Mais on peut aussi se dire simplement que chercher de la logique dans tout ça est aussi un exercice futile, vu la manière plus que désinvolte dont la Fox a traité les licences Marvel de manière générale, jusqu'à très récemment. Heureusement, ils ont fini par s'en rendre compte et il y a desormais quelqu'un (un scénariste, je crois) qui connaît bien les comics qui supervise tous les projets Marvel chez Fox. Ça évitera peut-être ce genre de cafouillages dans le futur.
Et sinon, tu as raison sur X-Men 2 !