Je crains que tu n'aies pas vu de bonnes projection 3-D relief, dans des salles bien équipées, et au matériel bien réglé.
Pour les projections relief, on doit utiliser des écrans argentés (qui reflètent davantage la lumière) pour compenser l'obscurcissement des lunettes polarisées, ou celui des lunettes "actives" à cristaux liquides.
Le relief d'Avatar (que j'ai vu deux fois en 3-D en salles) était parfait : net, lumineux, jamais gênant parce que bien mis en scène. C'est normalement comme cela que le spectateur doit perçevoir le film.
Mais si la projo a lieu avec un écran normal (avec une déperdition de luminosité) ou un projecteur numérique pas assez puissant par rapport à la taille de l'écran (idem), ou si la projection numérique est mal réglée (juste avant Avatar, j'ai vu une pub 3-D avec les images droite / Gauche inversées et là, ça devient de la torture !), là, il peut se produire les effets désagréables que tu décris.
Bref, une bonne projo en relief, c'est indéniablement un "plus" pour un film mis en scène pour le relief, mais encore faut-il que la technique soit au niveau dans la salle.